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インドネシアの医療水準は未だ高くありませんが、日本人を含め外国人が利用する私立病院は近代的な施設が整っており、安心して受診することができます。但し、心臓疾患などの外科的手術が必要な場合は、日本やシンガポール等に緊急移送することもあります。
医師は一般医（GP＝General Practitioner）と専門医（Specialist）がおり、GPは日常的な疾患の診療を行います。医療機関を3箇所まで兼務することができるため、特に専門医を受診する場合は事前に医師のスケジュールを確認することが必要です。ジャカルタやバリには、日本語で受診できる日系クリニックがあり、総合病院の専門医紹介を受けることも可能です。
一般的に勧められるワクチン（A型肝炎・B型肝炎・破傷風・日本脳炎・腸チフス・狂犬病など）はインドネシア国内でも接種できますが、在庫が不安定なため、日本出国前に接種されることをお勧めします。小児の定期予防接種は、日本とワクチンが異なるため、予防接種記録をお持ちのうえ、現地の医師にご相談ください。